公立はこだて未来大学では文化系32団体、体育系24団体のクラブ・サークルがあります。
文化系（30団体）
- プロシュット・プロジェクト
- 競技プログラミング部FUN Coder
- 植物研究会
- クリエイティブコーディングサークル
「ARTiS」 - 未来大聖書研究会
- 未来大模型サークル「ふぁんもけ」
- BrassFAN
- Connecotions Café Circle
- Darts.FUN（ダーツ）部
- Fabガール
- FUGU
- Fun AI
- FUNラジ
- Illustrators
- Sound Create
- Studio SUN
- オーケストラ同好会
- スマブラの会
- デザイン・カルテット
- はこだて祭ネット
- 公立はこだて未来大学サークルGATT
- 軽音楽部
- 公立はこだて未来大学LoL部
- 公立はこだて未来大学麻雀サークル
- 公立はこだて未来大学天文部
- 写真部
- なんでも探究クラブ
- 池坊華道・表千家茶道部
- 放送局
- 未来大ポケモンだいすきクラブ
- 未来祭実行委員会
体育系（24団体）
- Dance.Sarfy
- FBI（FUN Bike Idiots）
- ウィンタースポーツサークル
- 陸上競技部
- サバイバルゲームサークル
- ストリートダンスサークル「一気狂う」
- ソフトテニス部
- バドミントン部
- ハンドボール部
- フットサルサークル
- 弓道部
- はこだて未来大学空手道部
- 公立はこだて未来大学クルージング部
- 自転車部
- 公立はこだて未来大学卓球サークル
- 公立はこだて未来大学硬式テニス部
- 硬式野球部
- 女子バスケットボール部
- 女子バレーボール部
- 男子バスケットボール部
- 公立はこだて未来大学男子バレーボール部
- 公立はこだて未来大学軟式野球部
- 函館学生連合～息吹～
- 公立はこだて未来大学自動車部