公立はこだて未来大学では文化系26団体、体育系20団体のクラブ・サークルがあります。
運営・統括
文化系（26団体）
- brass FUN
- DARTS.FUN
- Fabガール
- FUGU
- FUN AI
- FUNラジ
- Illustrators
- Sound Create
- オーケストラ同好会
- クリエイティブコーディングサークル「ARTiS」
- スマブラの会
- デザイン・カルテット
- はこだて祭ネット
- プロシュット・プロジェクト
- 公立はこだて未来大学池坊華道・表千家茶道部
- 競技プログラミング部FUNCoder
- 軽音楽部
- 公立はこだて未来大学サークル GATT
- 公立はこだて未来大学天文部
- 写真部
- 放送局
- 未来祭実行委員会
- 未来大学ポケモンだいすきクラブ
- 公立はこだて未来大学lol部
- はこだて未来大学放送サークル FUN-BS
- FUN3D
体育系（20団体）
- Dance.Sarfy
- ウィンタースポーツサークル
- クルージング部
- サバイバルゲームサークル
- ストリートダンスサークル一気狂う
- ソフトテニス部
- はこだて未来大学空手道部
- バドミントン部
- ハンドボール部
- フットサルサークル
- 公立はこだて未来大学自動車部
- 公立はこだて未来大学卓球サークル
- 硬式テニス部
- 硬式野球部
- 女子バスケットボールサークル
- 女子バレーボールサークル
- 男子バレーボール部
- 軟式野球部
- 陸上競技部
- 函館学生連合〜息吹〜