公立はこだて未来大学では文化系27団体、体育系20団体のクラブ・サークルがあります。
運営・統括
文化系（27団体）
- brass FUN
- DARTS.FUN
- FUGU
- FUN AI
- FUNラジ
- Illustrators
- Sound Create
- オーケストラ同好会
- クリエイティブコーディングサークル「ARTiS」
- スマブラの会
- はこだて祭ネット
- 茶華道部
- 軽音楽部
- GATT
- 公立はこだて未来大学天文部
- 公立はこだて未来大学放送局
- 未来祭実行委員会
- 未来大学ポケモンだいすきクラブ
- はこだて未来大学放送サークル FUN-BS
- FUN3D
- 未来工房
- 麻雀サークル
- FUN Test Society
- 劇団Null
- ガチャガチャサークル FuCa
- ボテカサークル
- 映画鑑賞サークル
体育系（20団体）
- Dance.Sarfy
- ウィンタースポーツサークル
- 公立はこだて未来大学クルージング部
- ストリートダンスサークル一気狂う
- はこだて未来大学空手道部
- バドミントン部
- 公立はこだて未来大学自動車部
- 公立はこだて未来大学卓球サークル
- 硬式テニス部
- 硬式野球部
- 女子バレーボールサークル
- 男子バレーボール部
- 軟式野球部
- 陸上競技部
- 函館学生連合〜息吹〜
- スクワットサークル
- バスケットボールサークル
- スケートボードサークル
- フットサルサークル
- サッカー・フットサルサークル