| 1997年度 （平成9年度） |
函館市、上磯町、大野町、七飯町、戸井町の1市4町（現在は合併により、函館市、北斗市、七飯町の2市1町）で組織する函館圏公立大学広域連合を設置 |
| 1998年度 （平成10年度） |
 校舎建築工事着工 |
| 1999年度 （平成11年度） |
公立はこだて未来大学設置認可 |
| 2000年度 （平成12年度） |
公立はこだて未来大学開学 ［システム情報科学部］ 情報アーキテクチャ学科 複雑系科学科 |
| 2001年度 （平成13年度） |
 校舎（本部棟）が第26回北海道建築賞を受賞校舎（本部棟）が第14回北海道赤レンガ建築賞を受賞 |
| 2002年度 （平成14年度） |
校舎（本部棟）が日本建築学会賞（作品）を受賞 課題解決型学習の先駆けとなる「プロジェクト学習」スタート 公立はこだて未来大学大学院設置認可 |
| 2003年度 （平成15年度） |
公立はこだて未来大学大学院開設 |
| 2004年度 （平成16年度） |
地域連携、産学官連携等を組織的に支援する共同研究センターを開設 校舎（本部棟）が第9回公共建築賞（生活施設部門）国土交通大臣表彰を受賞 |
| 2005年度 （平成17年度） |
 研究棟建設工事竣工東京サテライトオフィス（秋葉原）開設 |
| 2006年度 （平成18年度） |
プロジェクト学習の教育構想が文部科学省の「特色ある大学教育支援プログラム」に採択 |
| 2007年度 （平成19年度） |
公立大学法人設置認可 函館市高等教育機関連携推進協議会（平成20年4月からキャンパス・コンソーシアム函館に名称変更）の設立に参加 |
| 2008年度 （平成20年度） |
公立大学法人を設立 メタ学習センターを設置 |
| 2009年度 （平成21年度） |
 地域ネットワーク支援事業として「はこだて国際科学祭」を開催（毎年開催） |
| 2010年度 （平成22年度） |
開学10周年記念式典を挙行 複雑系科学科と情報アーキテクチャ学科を情報アーキテクチャ学科と複雑系知能学科に再編 大学・大学院一貫（6年制）の高度ICTコースを開設 |
| 2012年度 （平成24年度） |
 FUNコラボラティブ・ラボラトリ制度を創設共同研究センターを社会連携センターに発展改組 メタ学習ラボの活動がスタート |
| 2013年度 （平成25年度） |
全国15大学との連携による「分野・地域を超えた実践的教育恊働ネットワーク（enPiT）」事業スタート |
| 2014年度 （平成26年度） |
公立はこだて未来大学出版会による出版活動スタート 東京虎ノ門にサテライト・オフィスを移設 |
| 2015年度 （平成27年度） |
情報システムデザインセンターを設置 |
| 2017年度 （平成29年度） |
未来AI研究センターを設置 |
|
2019年度 |
東京都文京区本郷にサテライト・オフィスを移設 |